"The Legend of Zelda: Spirit Tracks" é uma aventura exclusiva para o Nintendo DS que foi anunciada originalmente na GDC 2009, com data de lançamento programada para o mesmo ano. O game tem ligações com episódios anteriores da franquia como "The Legend of Zelda: The Wind Waker" e "Phantom Hourglass" e compartilha do mesmo estilo visual em cel shading, técnica que mascara os gráficos poligonais para que pareçam desenho animado. Link, agora um aprendiz de engenheiro ferroviário, descobre que Hyrule é cortada por um emaranhado de trilhos espirituais que, além de servirem para transporte, também são usados para prender antigos espíritos malignos que não podem ser destruídos. Os problemas começam quando a princesa Zelda é capturada pelo chanceler Cole e tem seu corpo roubado para servir de receptáculo para um demônio aprisionado. Assim, Link resolve ir atrás do vilão e conta com a ajuda do espírito de Zelda que, sem corpo, é capaz de controlar outras criaturas. A mecânica é basicamente a mesma da empregada em "Phantom Hourglass". A caneta stylus é usada para controlar os movimentos de Link e utilizar seu vasto arsenal, que equipa também o trem do herói. O protagonista desta vez conta com uma flauta espiritual, capaz de revelar elementos do plano etéreo nos cenários, e seu uso se dá através da interação com o microfone do aparelho. A maior novidade do título, no entanto, está na possibilidade de finalmente controlar Zelda, ou pelo menos os Phantom Guardians que ela é capaz de dominar, também através do uso da canetinha. No aspecto multiplayer, as coisas mudam em relação ao game anterior. Sai o uso da Nintendo Wifi Connection e entra o DS Download Play, que permite compartilhar apenas um modo extra. Este modo separado coloca os usuários em uma corrida contra o tempo para coletar gemas escondidas pelos cenários, enquanto lutam contra inimigos da campanha principal.