A idéia da continuação de "Naruto: Ultimate Ninja Heroes", lançado em 2007 para PSP, é levar a mecânica do jogo original mais a fundo, indo além das lutas baseadas em equipes. Desta vez há um extenso modo para um jogador, que conta uma história inédita, em que uma fortaleza voadora invade a Vila Oculta da Folha. Naruto, e seus amigos ninjas embarcam na imensa estrutura para investigar o caso, passando por uma série de desafios. Cada uma das cem salas disponíveis traz um desafio diferente, aproximando o jogo de um "party game". São minigames, quizes e, obviamente, muitas batalhas. Há também elementos de RPG: conforme progride, você ganha pontos de evolução que deve distribuir entre cada personagem, aumentando assim a força de seus golpes e ganhando novos jutsus (habilidades). Os combates funcionam como no jogo anterior, com lutas um contra um, dois contra um, dois contra dois e por aí vai. Além dos ataques básicos, pulo e shuriken, há também os ataques especiais, que exigem um processo de carregamento de chakra para serem realizados. O modo multiplayer disponibiliza 20 personagens do desenho, seis modos de jogo e 12 cenários diferentes. Como no anterior, você pode escolher até três personagens para sua equipe. Uma das vantagens da modalidade é que apenas um UMD do jogo é exigido para conexões wireless entre dois portáteis.