Baseado no aclamado romance do autor japonês Hideaki Sena — publicado originalmente em 1995 —, Parasite Eve conquistou uma legião de fãs (e alguns prêmios) com a sua trama envolvente que misturava ciência e suspense. O sucesso garantiu uma adaptação para os cinemas e versões para os videogames. Na realidade, The Third Birthday é uma variação da série Parasite Eve, sendo que o nome, The Third Birthday (algo como o terceiro aniversário) é uma referência a terceira aparição da personagem Aya Brea. Desde a última aventura de Aya, os encontros com os parasitas (como são conhecidas as criaturas neo-mitocôndriais) reduziram e virtualmente acabaram. Até que em 2009, uma nova epidemia começou a tomar conta do mundo e em 2010, um sistema chamado de Overdive foi desenvolvido para exterminar as criaturas, entretanto somente Aya é capaz de operá-lo.